曹晓勇 博士
CAO XIAOYONG, Ph.D.
职务：特聘副研究员
研究所：分子智造工程研究所
研究方向：基于人工智能算法（机器学习、深度学习）的蛋白质序列、结构、折叠、结构优化的研究，
邮箱：cxy@zju.edu.cn
联系方式：15526876318
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个人简介
曹晓勇，2021年9月毕于吉林大学生物物理学专业。2021年10月全职加入浙江大学衢州研究院，任特聘副研究员，致力于“局部分布”理论的开发和在蛋白质折叠、聚合物均相成核中应用的研究。
学术成果
曹晓勇博士致力于原创理论“局部分布”理论的开发与应用的研究。该算法主要应用于高维复杂大分子体系中，如蛋白质、聚合物等。通过学习实验、量子化学计算数据的局部结构信息拟合“局部分布”进而动态拼接为全局联合分布。该方法特点是用于解决计算模拟中精度和效率不能同时提高的问题，目前在结构优化中得到初步验证，基于该理论构建的蛋白质结构优化模型在2020年的第十四届世界蛋白质结构预测比赛（CASP14）中生成的机构的平均Zscore排名6，在最难优化的13个结构中排名第1(相关结果在CASP官方杂志Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (Volume 89, Issue 12, Evaluation of model refinement in CASP14)上被报道)。同时在效率上与传统的其他蛋白质结构优化方法（包括基于分子动力学模拟（MD）的方法和基于MC的能量最小化的方法）相比能够加速3到6个数量级。
代表论文
[1] Xiaoyong Cao; Pu Tian*; Molecular free energy optimization on a computational graph, RSC Advances, 2021, 11(21): p. 12929-12937.
[2] Cao; Pu Tian*; “Dividing and Conquering” and “Caching” in Molecular Modeling, International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22(9).
[3] Xiaoyong Cao; Xiuzhen Hu*; Xiaojin Zhang; Sujuan Gao; Changjiang Ding; Yonge Feng; Weihua Bao; Identification of metal ion binding sites based on amino acid sequences, Plos One, 2017, 12(8):e0183756.
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